Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Teaching track responsibilities

• Coordination of the doctoral school "Biology and Health" of University of Bretagne Loire, Rennes Site 1 [N. Théret]

• Coordination of the master degree "Bioinformatics and genomics", Univ. Rennes1 [O. Dameron]

Course responsibilities

• "Internship", Master 1 in Computer Sciences, Univ. Rennes 1 [C. Belleannée]

• "Supervised machine learning", Master 2 in Computer Sciences, Univ Rennes 1 [F. Coste]

• "Atelier bioinformatique", Licence 2 informatique, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Bioinformatique pour la génomique", 2nd year school of medicine, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Bases de mathématiques et probablité" and "Méthodes en informatique", Master1 in public health, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Intégration: Remise à niveau en informatique", Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Programmation en Python", Master 1 in Public Health, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Programmation impérative en Python", Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Système informatique GNU/Linux", Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Semantic Web and bio-ontologies", Master 2 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• "Internship", Master 2 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [O. Dameron]

• Master: A. Siegel, Integrative and Systems biology, Master 2 in bioinformatics, Univ. Rennes 1 [A. Siegel]

• Micro-environnement Cellulaire normal & pathologique, Master 2 in Biologie cellulaire et Moléculaire, Univ. Rennes 1 [N. Théret]

Teaching

• Licence: C. Belleannée, Langages formels, 20h, L3 informatique, Univ. Rennes1, France.

• Licence: C. Belleannée, Projet professionnel et communication, 16h, L1 informatique, Univ. Rennes1, France.

• Licence: C. Belleannée, Enseignant référent, 20h, L1 informatique, Univ. Rennes1, France.

• Licence: C. Belleannée, Spécialité informatique : Functional and immutable programming , 42h, L1 informatique, Univ. Rennes1, France

• Licence: O. Dameron, Biostatistiques, 12h, 1st year school of medicine, Univ. Rennes 1, France

• Licence: O. Dameron, Bioinformatique pour la génomique, 2h, 2nd year school of medicine, Univ. Rennes 1, France

• Licence: O. Dameron, "Atelier bioinformatique", 8h, Licence 2 informatique, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, "Intégration: Remise à niveau en informatique", 14h Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1, France

• Licence: C. Frioux, Projet Python, 18h, L3 ENSAI, France.

• Licence: C. Frioux, Techniques d'optimsiation, 12h, L3 ENSAI, France.

• Licence: M. Louarn, Introduction à la BioInformatique, 2h, L2 Informatique, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: M. Louarn, TPs Python, 8h, L1 Biologie, Univ. Rennes 1, France.

• Licence: H. Talibart, Programmation scientifique Python, 24h, L1, Rennes1, France.

• Licence: M. Wery, TPs Python, 36h, L1 Biologie, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, "Programmation impérative en Python", 82.25h Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1, France

• Master: C. Belleannée, Programmation logique avec contraintes et algorithmes génétiques, 40h, M1 informatique, Univ. Rennes1, France.

• Master: C. Belleannée, Algorithmique du texte et bioinformatique, 10h, M1 informatique, Univ. Rennes1, France

• Master: L. Bourneuf, Projet, 20h, M1 Santé Publique, France.

• Master: F. Coste, Supervised machine learning, 15h, M2 Computer Sciences, Univ Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, "Object-oriented programming", 20h Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, "Système informatique GNU/Linux", 20h, Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, 8h, "Internship", Master 1 in bioinformatics, Univ. Rennes 1

• Master: O. Dameron, "Bases de mathématiques et probablité", 18.75h, Master1 in public health, Univ. Rennes 1

• Master: O. Dameron, "Programmation impérative en Python", 3h Master 1 in public health, Univ. Rennes 1, France

• Master: O. Dameron, 21h, "Semantic Web and bio-ontologies", Master 2 in bioinformatics, Univ. Rennes 1

• Master: O. Dameron, 10h, "Internship", Master 2 in bioinformatics, Univ. Rennes 1

• Master: C. Belleannée, 20h, "Internship", Master 1 Computer Sciences, Univ. Rennes 1, France

• Master: M. Louarn, Informatique Médicale Avancée, 2h, M1 Médecine, Univ. Rennes 1, France.

• Master: M. Louarn, Object-oriented programming, 25h, M2 bioinformatique et génomique, Univ. Rennes 1, France.

• Master: A. Siegel, Integrative and Systems biology, 25h, M2, Univ. Rennes 1, France.

• Doctorat: A. Siegel, Reasoning over biological systems with large-scale and incomplete data, 3h, Thematic Research School on “advances in Systems & Synthetic Biology”, Evry’18.

Supervision

• PhD : Clémence Frioux, Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems., started in Oct. 2015, defended on Nov. 19 2018, supervised by A. Siegel [11].

• PhD in progress : Yann Rivault, Analyse de trajectoires de soins à partir de bases de données médico-administratives : apport d'un enrichissement pas des connaissances biomédicales issues du Web des Données, started in Oct. 2015, defense expected 28th January 2019, supervised by O. Dameron and N. Lemeur.

• PhD in progress : Lucas Bourneuf, Justifiable graph decomposition to assist biological network understanding, started in Oct. 2016, supervised by J. Nicolas.

• PhD in progress : Hugo Talibart, Learning grammars with long-distance correlations on proteins, started in Nov. 2017, supervised by F. Coste and J. Nicolas.

• PhD in progress : Mael Conan, Predictive approach to assess the genotoxicity of environmental contaminants during liver fibrosis, started in Oct. 2017, supervised by S. Langouet and A. Siegel.

• PhD in progress: Marine Louarn, Intégration de données génomiques massives et hétérogènes, application aux mutations non-codantes dans le lymphome folliculaire, started in Oct. 2017, supervised by A. Siegel, T. Fest (CHU) and O. Dameron.

• PhD in progress : Méline Wery, Methodology development in disease treatment projects. , started in Oct. 2017, supervised by O. Dameron, C. Bettembourg (Sanofi) and A. Siegel.

• PhD in progress : Nicolas Guillaudeux, Comparer des structures de gènes pour la prédiction de transcrits isoformes codants et non-codants, started in Oct. 2018, supervised by O. Dameron, C. Belleannée and S. Blanquart.

• PhD in progress : Pierre Vignet, Identification et conception expérimentale de nouveaux agents thérapeutiques à partir d'un modèle informatique des réseaux d’influence du TGF-$\beta$ dans les pathologies hépatiques chroniques , started in Dec. 2018, supervised by N. Théret and A. Siegel.

Juries

• Referee of Ph-D thesis. C. Biane, Univ Paris Saclay [A. Siegel]. A. Bonnafoux, ENS Lyon [A. Siegel]. B. Miraglio, Univ Nice [A. Siegel]. G Personeni, Univ. Lorraine [O. Dameron].

• Member of Ph-D thesis juries. C. Marchet, Univ Rennes [A. Siegel]. M. Pichene, Univ. Rennes [A. Siegel].

• Refererr of habilitation thesis juries. A. Baudot, Univ. Marseille.

• Member of medicine doctorate juries A. El Matoutat [O. Dameron].

Interns

• Internship, from Jan 2018 until Jun 2018. Supervised by I. Vigalatti and O. Dameron. Student: Guillaume Alviset. Subject: Selecting SPARQL endpoints for faster processing of federated queries.

• Internship, from Jan 2018 until Jun 2018. Supervised by A. Siegel. Student: Aurelien Cornet. Subject: Inférence de réseaux biologiques multi-échelles.

• Internship, from Apr 2018 until Jul 2018. Supervised by A. Siegel, F. Legeai and J. Bobe. Student: Clara Delahaye. Subject: Intégration des réseaux géniques de Oryzias latipes impliqués dans la fécondité et régulés par le microARN-202-5p.

• Internship, from Apr 2018 until Jul 2018. Supervised by A. Siegel and R. Munoz. Student: Emile Dumont. Subject: Reconstruction du réseau métabolique de bactéries cellulolytiques du rumen : exploration des voies de dégradation de la cellulose et de l’hémicellulose.

• Internship, from Jan 2018 until Jun 2018. Supervised by C. Frioux. Student: Enora Fremy. Subject: Etude du potentiel de coopération métabolique entre hôte et microbiote à l'échelle fonctionnelle.

• Internship, from Jan 2018 until Jun 2018. Supervised by C. Belleannée and S. Blanquart. Student: Nicolas Guillaudeux. Subject: Prédiction de transcriptome : analyse comparative multi-gènes, orthologues.

• Internship, from Apr 2018 until Jul 2018. Supervised by J. Got. Student: Teo Lemane. Subject: Curation du réseau métabolique de T. Lutea via des méthodes hétérogènes.

• Internship, from Jan 2018 until Jul 2018. Supervised by N. Théret, J. Nicolas and L. Bourneuf. Student: Linh Chi Nguyen. Subject: Compression of large interaction graphs for the identification of protein modules in the extracellular matrix.